コメントがつかないので補足的に書きますが，現在 LuaTeX-ja プロジェクトでは
縦組の実装に取り組んでいます．これに関連して，geometry.sty を縦組に対応させる
パッチを書きました．このパッチは pLaTeX でもほぼそのまま使えそうだったので，
pLaTeX に対応させるためのコードも取り入れられました．興味のある方はお試し下さい．
バグ報告歓迎です．
http://sourceforge.jp/projects/luatex-ja/scm/git/luatexja/blobs/kitagawa_tfont/src/patches/lltjp-geometry.sty
から取得できます（「元形式でダウンロード」をクリック）．
pLaTeX での使い方は，次のように geometry を読み込む前に lltjp-geometry を
読み込みます．すると，geometry が縦組クラス用に動作するようになります．
\documentclass{tarticle}
\usepackage{lltjp-geometry}
\usepackage[hmargin={5cm,1cm},vmargin={4cm,2cm}]{geometry}
\begin{document}
...
\end{document}
なお，hmargin や vmargin の向きは組方向を基準に決めてあるので，
上の例だと上余白が5cm，下余白が1cm，右余白が4cm，左余白が2cmとなります．
北川さんが書かれているのは，このパッチで lines（行数）の指定をしたときに
出る警告に関するものです．
\documentclass{tarticle}
\usepackage{lltjp-geometry}
\usepackage[lines=10,textwidth=30zw]{geometry}
\begin{document}
\noindent
\def\R{０１２３４５６７８９０１２３４５６７８９０１２３４５６７８９}
\R\R\R\R\R\R\R\R\R\R
\R\R\R\R\R\R\R\R\R\R
\R\R\R\R\R\R\R\R\R\R
\end{document}
をタイプセットすると，1ページ埋める毎に件の Overfull \vbox が出ます．
この原因が，おそらく plcore.ltx 内の処理の問題なのではないか，ということです．