次を platex でタイプセットすると，
Overfull \vbox (4.58221pt too high) has occurred while \output is active
という警告が出ました：
\documentclass{tarticle}
\parindent0pt
\textwidth11zw
\textheight\dimexpr 9\baselineskip+\topskip
\maxdepth100pt
\begin{document}
１あいうえおかきくけこ
２あいうえおかきくけこ
３あいうえおかきくけこ
４あいうえおかきくけこ
５あいうえおかきくけこ
６あいうえおかきくけこ
７あいうえおかきくけこ
８あいうえおかきくけこ
９あいうえおかきくけこ
０あいうえおかきくけこ
\end{document}
jarticle に変えると警告が発生しないので，plcore.ltx を見てみたところ
\gdef\@makecol{%
...
\dimen@ \dp\@outputbox
\unvbox \@outputbox
\iftdir\hskip\z@
\else\vskip -\dimen@\fi
...
}
となっていました．縦組のときは \box\@outputbox の深さ分が
補正されていないように思います．
コメントがつかないので補足的に書きますが，現在 LuaTeX-ja プロジェクトでは
縦組の実装に取り組んでいます．これに関連して，geometry.sty を縦組に対応させる
パッチを書きました．このパッチは pLaTeX でもほぼそのまま使えそうだったので，
pLaTeX に対応させるためのコードも取り入れられました．興味のある方はお試し下さい．
バグ報告歓迎です．
http://sourceforge.jp/projects/luatex-ja/scm/git/luatexja/blobs/kitagawa_tfont/src/patches/lltjp-geometry.sty
から取得できます（「元形式でダウンロード」をクリック）．
pLaTeX での使い方は，次のように geometry を読み込む前に lltjp-geometry を
読み込みます．すると，geometry が縦組クラス用に動作するようになります．
\documentclass{tarticle}
\usepackage{lltjp-geometry}
\usepackage[hmargin={5cm,1cm},vmargin={4cm,2cm}]{geometry}
\begin{document}
...
\end{document}
なお，hmargin や vmargin の向きは組方向を基準に決めてあるので，
上の例だと上余白が5cm，下余白が1cm，右余白が4cm，左余白が2cmとなります．
北川さんが書かれているのは，このパッチで lines（行数）の指定をしたときに
出る警告に関するものです．
\documentclass{tarticle}
\usepackage{lltjp-geometry}
\usepackage[lines=10,textwidth=30zw]{geometry}
\begin{document}
\noindent
\def\R{０１２３４５６７８９０１２３４５６７８９０１２３４５６７８９}
\R\R\R\R\R\R\R\R\R\R
\R\R\R\R\R\R\R\R\R\R
\R\R\R\R\R\R\R\R\R\R
\end{document}
をタイプセットすると，1ページ埋める毎に件の Overfull \vbox が出ます．
この原因が，おそらく plcore.ltx 内の処理の問題なのではないか，ということです．
縦組の実装に取り組んでいます．これに関連して，geometry.sty を縦組に対応させる
パッチを書きました．このパッチは pLaTeX でもほぼそのまま使えそうだったので，
pLaTeX に対応させるためのコードも取り入れられました．興味のある方はお試し下さい．
バグ報告歓迎です．
http://sourceforge.jp/projects/luatex-ja/scm/git/luatexja/blobs/kitagawa_tfont/src/patches/lltjp-geometry.sty
から取得できます（「元形式でダウンロード」をクリック）．
pLaTeX での使い方は，次のように geometry を読み込む前に lltjp-geometry を
読み込みます．すると，geometry が縦組クラス用に動作するようになります．
\documentclass{tarticle}
\usepackage{lltjp-geometry}
\usepackage[hmargin={5cm,1cm},vmargin={4cm,2cm}]{geometry}
\begin{document}
...
\end{document}
なお，hmargin や vmargin の向きは組方向を基準に決めてあるので，
上の例だと上余白が5cm，下余白が1cm，右余白が4cm，左余白が2cmとなります．
北川さんが書かれているのは，このパッチで lines（行数）の指定をしたときに
出る警告に関するものです．
\documentclass{tarticle}
\usepackage{lltjp-geometry}
\usepackage[lines=10,textwidth=30zw]{geometry}
\begin{document}
\noindent
\def\R{０１２３４５６７８９０１２３４５６７８９０１２３４５６７８９}
\R\R\R\R\R\R\R\R\R\R
\R\R\R\R\R\R\R\R\R\R
\R\R\R\R\R\R\R\R\R\R
\end{document}
をタイプセットすると，1ページ埋める毎に件の Overfull \vbox が出ます．
この原因が，おそらく plcore.ltx 内の処理の問題なのではないか，ということです．