> \cygwin\bin は，良く使うので，PATHの先頭部分に置いていたのですが，ご意見に従いました
PATH は先頭にあるもののほうが優先されます．今回の場合，W32TeX と Windows native に入れた Ghostscript が先に見つかるようにしておく必要があります．
%% Cygwin の中で閉じた TeX 環境を作る方法は他にあり，そのときには事情が異なります．
> 関連ですが，PATHの中に 2重引用符を使うことは"c:/Program Files/"はかまわないのでしょうか？
最初に提示されていた例のように，
PATH="A;"B";C"
となっていると，B の位置に空白が入っていると正しく処理できないはずです．一番外側でくくれていればよいので，
PATH="A;B;C"
となるようにしておけばよいでしょう，というのが回答でした．