http://www.biwako.shiga-u.ac.jp/sensei/kumazawa/tex/subcaption.html
上記のURLを参考にsubcaptionパッケージを使ってみたのですが，pdfの出力は望んだとおりの動きをしており，また参照も上手く出来ています．
ただエラーメッセージの欄に"Unsupported document class (or package) detected, usage of the caption package is not recommended"と出ています．
subcaption.styを見ると，最初の方に以下のような部分があります．
\caption@ifbool{documentclass}{}{%
\caption@WarningNoLine{%
Unsupported document class (or package) detected,\MessageBreak usage of the caption package is not recommended}% \caption@InfoNoLine{\string\@makecaption\space=\space\meaning\@makecaption}%
}おそらくこの部分でエラーが起こっているのだと思いますが，これは自分が使用しているjsarticleがたまたまsubcaptionとはうまくいっていないということでしょうか？
ただこの部分をコメントアウトしても，しっかりsubcaptionも付きますし，参照もできます．
要は動くには動くけど，エラーが出ていて気持ち悪いといった状況です．
どなたかもしお分かりになりましたらご教授ください．