以下，間違っているかもしれません。
TeX Live の
texmf-dist/fonts/vf/public/japanese-otf-uptex/
texmf-dist/fonts/tfm/public/japanese-otf-uptex/
をみると，upTeX の最新のフォントが抜けているような気がします。
従って map も例えば，otf-up-hiragino,map を見ると，
% TEXT, 90JIS
uphminl-h UniJIS-UTF16-H HiraMinPro-W2.otf
uphminl-v UniJIS-UTF16-V HiraMinPro-W2.otf
uphminr-h UniJIS-UTF16-H HiraMinPro-W3.otf
uphminr-v UniJIS-UTF16-V HiraMinPro-W3.otf
uphminb-h UniJIS-UTF16-H HiraMinPro-W6.otf
uphminb-v UniJIS-UTF16-V HiraMinPro-W6.otf
uphgothr-h UniJIS-UTF16-H HiraKakuPro-W3.otf
uphgothr-v UniJIS-UTF16-V HiraKakuPro-W3.otf
uphgothb-h UniJIS-UTF16-H HiraKakuPro-W6.otf
uphgothb-v UniJIS-UTF16-V HiraKakuPro-W6.otf
uphgotheb-h UniJIS-UTF16-H HiraKakuStd-W8.otf
uphgotheb-v UniJIS-UTF16-V HiraKakuStd-W8.otf
uphmgothr-h UniJIS-UTF16-H HiraMaruPro-W4.otf
uphmgothr-v UniJIS-UTF16-V HiraMaruPro-W4.otf
% JISX 0213:2004
uphminln-h UniJIS2004-UTF16-H HiraMinPro-W2.otf
uphminln-v UniJIS2004-UTF16-V HiraMinPro-W2.otf
uphminrn-h UniJIS2004-UTF16-H HiraMinPro-W3.otf
uphminrn-v UniJIS2004-UTF16-V HiraMinPro-W3.otf
uphgothrn-h UniJIS2004-UTF16-H HiraKakuPro-W3.otf
uphgothrn-v UniJIS2004-UTF16-V HiraKakuPro-W3.otf
uphminbn-h UniJIS2004-UTF16-H HiraMinPro-W6.otf
uphminbn-v UniJIS2004-UTF16-V HiraMinPro-W6.otf
uphgothbn-h UniJIS2004-UTF16-H HiraKakuPro-W6.otf
uphgothbn-v UniJIS2004-UTF16-V HiraKakuPro-W6.otf
uphgothebn-h UniJIS2004-UTF16-H HiraKakuStd-W8.otf
uphgothebn-v UniJIS2004-UTF16-V HiraKakuStd-W8.otf
uphmgothrn-h UniJIS2004-UTF16-H HiraMaruPro-W4.otf
uphmgothrn-v UniJIS2004-UTF16-V HiraMaruPro-W4.otf
であるべきところが，
% JISX 0213:2004
以下が抜けていると思います。