Latin Modernではフォントサイズにより、
そのサイズに合ったフォントを割り当てていると思うのですが、
この割り当て方を変えるにはどうしたらいいでしょうか？
具体的には文書全体で、フォントサイズに関係なく、
12pt用のフォント（LMRoman12-Regularなど）を使いたいと思っています。
（T1 エンコーディング使用と仮定します。）
プレアンブルの
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{lmodern}
の直後にフォントファミリの設定命令を記述します。
\DeclareFontFamily{T1}{lmr}{}
\DeclareFontShape{T1}{lmr}{m}{n}{<->ec-lmr12}{}
\DeclareFontShape{T1}{lmr}{m}{it}{<->ec-lmri12}{}
% 以下他のシェープについて同様に
これらの命令の意味については「texdoc fntguide」で表示される解説文書を参照してください。また、引数に書くべき値（it とか ec-lmr12 の部分）については、ファイル t1lmr.fd（および他の t1lm....fd）の内容が参考になると思います。（OT1 を使うのであれば ot1lm....fd を参考にします。）
\usepackage[T1]{fontenc}\usepackage{lmodern}\DeclareFontFamily{T1}{lmr}{}\DeclareFontShape{T1}{lmr}{m}{n}{<-> ec-lmr12}{}\DeclareFontShape{T1}{lmr}{m}{it}{<-> ec-lmri12}{}\DeclareFontShape{T1}{lmr}{m}{sl}{<-> ec-lmro12}{}\DeclareFontShape{T1}{lmr}{bx}{n}{<-> ec-lmbx12}{}別のファミリも同じようにできそうです。