私の推測としては、次のリンク先で指摘されている dvipdfmx の不具合が原因だと考えています。
これは、特定の PDF special の組み合わせが正常に処理されず、その結果、図の移動（回転）先が意図しない位置になってしまうというものです。ここでの例の場合、間違った位置に図が飛んだあとに正しい位置にクリップがかかるので、結果として図は完全に消えてしまってます。
graphicx 系の命令と TIkZ 系の命令を同時に使うと時々図が変な位置に飛んでしまう現象もこの不具合が原因だと思われます。