TeXnicleの最新バージョンが[Version 2.3.0 (3101)]に成っており
TeX WiKi における「TeXnicle」の説明が、
「デフォルトでは pdflatex を使用することになっているので、」以下に
「以下のように新たな設定を追加します．」と書いてありますが
コピーした engine ファイルの記述が異なっていますので
「uplatex＋dvipdfmx として設定する方法」１～１１迄で推薦する
書き直し方が、当て嵌りませんでした。
特に日本語を「uplatex＋dvipdfmx」使用しての設定に拘らないのなら
FileTemplateで新規に
「\documentclass[pdflatex,dvpdfmx,ja=standard]{bxjsarticle}」の追加をし、
好みの設定を書き加える方が手っ取り早いか、とも思われます。
Preference > Templates > Description >
に「Japanese LaTeX」等の名称にして登録を済ませば、
デフォルトのpdfLaTeXエンジンを変更することなく
「日本語の文章を入力」出来ます。
/////Standard LaTeX article の冒頭だけ「bxjarticle」に変更 /////////////
\documentclass[pdflatex,dvpdfmx,ja=standard]{bxjsarticle}%
\usepackage{ifpdf}
\ifpdf
\usepackage[pdftex]{graphicx} % to include graphics
\pdfcompresslevel=9
\usepackage[pdftex, % sets up hyperref to use pdftex driver
plainpages=false, % allows page i and 1 to exist in the same document
breaklinks=true, % link texts can be broken at the end of line
colorlinks=true,
pdftitle=My Document
pdfauthor=My Good Self
]{hyperref}
\usepackage{thumbpdf}
\else
\usepackage{graphicx} % to include graphics
\usepackage{hyperref} % to simplify the use of \href
\fi
\title{Brief Article}
\author{The Author}
\date{\today}
\begin{document}
\maketitle
\section{Section}
\subsection{Subsection}
\end{document}
/////Preference > Templates > Description >Japanese LaTeXに変更 /////////////
（MacOSX 10.11.6 El Capitan TeXLive2016を使用しての環境）
///////////////////////////////// 以上の設定で日本語のコンパイルはOKです。////////////////////////////
如何でしょうか？ 若松久仁光拝