/usr/local/texlive/2009/bin/universal-darwin
/usr/local/texlive/p2009/bin/i386-apple-darwin10.3.0
の2箇所にdvipdfmxが入っていました。どちらを使ってもいいような感じなのですが、ちょっと気になったのでパスを以下のようにしてみました。エラーが出た時のパスと比較して載せます。いじったのは、etc/launchd.confです。
エラーが出た時のパス設定
setenv PATH /new/path:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/usr/local/bin:/opt/X11/bin:/usr/local/texlive/2009/bin/universal-darwin:/usr/local/texlive/p2009/bin/i386-apple-darwin10.3.0:/usr/local/bibunsho/bin/i386-darwin
成功した時のパス設定
setenv PATH /new/path:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/usr/local/bin:/opt/X11/bin:/usr/local/texlive/p2009/bin/i386-apple-darwin10.3.0:/usr/local/bibunsho/bin/i386-darwin:/usr/local/texlive/2009/bin/universal-darwin
つまり、:/usr/local/texlive/2009/bin/universal-darwinを最後に読み込むようにしてみました。これでエラーが回避出来ました。
どうも２つあるdvipdfmxの読み込む順番で日本語に対応していない方から読みこんで起動したのでエラーが出たのだと推測します。またTeXshopにおいてのパス設定はetc/launchd.confの方のパス設定が優先されているのか、無視されるようです。（あくまで推測です。）
この件について関わってくれた方々にこの場を借りて御礼申し上げます。