カウンタ入れるのを忘れていました．
\documentclass[a5paper]{jsbook}
\newcommand{\EN}[1]{\mbox{\textsuperscript{\lower.5ex\hbox{*}#1}}}
\newcounter{Enote}
\newenvironment{EndNote}
{\list{\theEnote}{%
\usecounter{Enote}
\setlength{\labelwidth}{\leftmargin}
\setlength{\labelsep}{.5zw}
\addtolength{\labelwidth}{-\labelsep}
\renewcommand{\makelabel}[1]{\hspace{1zw}\EN{##1}}}
}{\endlist}
\begin{document}
い\EN{1} ろ\EN{2} は\EN{2a} に\EN{3} ほ\EN{4} へ\EN{5}。
\begin{EndNote}
\item 以。
\item 呂。
\item[2a] 波。
\item 仁。
\item 保。
\item 部。
\end{EndNote}
\end{document}