\documentclass{jsbook}
\begin{document}
あああ
\begin{itemize}
\item あああ
\item いいい
\end{itemize}
あああ
\begin{itemize}
\item あああ
\item いいい
\end{itemize}
あああ
\end{document}
のようなもので100個テストしてみましたが，空白は問題なく出力されます。
再現できる例が示されてないので何ともいえませんが，別の原因だと思います。