設定ファイルがどこから読み込まれるかは，latexmk のマニュアルに書かれています．
%%% latexmk.1(latexmk.pdfも存在する) より引用(制御コードは削除してあります) %%%
2) The user's RC file, "$HOME/.latexmkrc", if it exists. Here $HOME
is the user's home directory. [Latexmk determines the user's
home directory as follows: It is the value of the environment variable
HOME, if this variable exists, which normally is the case on UNIX-like
systems (including LINUX and OS-X). Otherwise the environment
variable USERPROFILE is used, if it exists, which normally is the case
on MS-Windows systems. Otherwise a blank string is used instead of $HOME.]
3) The RC file in the current working directory. This file can be
named either "latexmkrc" or ".latexmkrc", and the first of these to be
found is used, if any.
%%% 引用終わり %%%
これを見ると分かるように，「latexmkrc」はカレントディレクトリのみです．
「.latexmkrc」だと，WindowsXP なら「Documents and Settings\ユーザ名\」
に置けば読んでくれるようです．まあ，latexmk の version による違いも
あるかもしれませんが．
しかし，設定ファイルを既定の場所に置けばそれで問題は解決するのだろうか...