おそらくMeadow+yatex+atokの組み合わせで使っている人が少ないためにフォローが1件もないのでしょうが、せめて、ご自身で原因の切り分けをしませんか。
Windowsが原因か(ATOKやMS-IMEに関係なく全てのアプリで再現するのか)、
ATOKが原因か(他のIMEだと発生しないのか、Meadow以外のアプリでも再現するのか)、
Meaddowが原因か(yatex以外のモードの時にも再現するのか)、
yatexが原因か(yatexモードの時のみ発生するのか)、
原因を切り分けして、その原因の対策を考えるのが解決方法ではないでしょうか。
もし、すでに原因の切り分けを行っていたのであれば、その内容を質問に含めて書くべきです。そうしないと誰もあなたの書き込みに返信しませんよ。