>ここに記述していただければもしかすると原因が分かるかもしれません
たしかにその通りですね．こういう場で初歩的なミスをしました．┐(´∀｀)┌
ただ，ptexが使えないとちょっと仕事にならないので，
先ほどTeXLive 2011を再度インストールしてしまい，
2012でどのようなエラーメッセージがでたか覚えていません・・・・
たしか「TeXShop - TeX Wiki」の「~/Library/TeXShop/bin/pdfeptex, ~/Library/TeXShop/bin/pdfplatex, pbibtex を使用する場合」を行った時，
「????.fmt」（????の部分が思い出せない，pdfplatexだったかな？）が見つからないとか言ってたと思います．
大学も大忙しですから前期も終わって時間がとれるようになったらまたインストールして，正確なエラーメッセーをまた載せます