以前のファイルは文字コードがshift-jisではないですか。
TeXworksはutf-8です。
コマンドラインからnkf命令で
shift-jisのWinshellで作ったファイルををutf-8の文字コードに変換してコピペする。
簡単なのはWinshellをインストールして、Adobe Readerでpdfファイルを読む。
それと、TeXworksのコマンドはpdfTeXでなくpdfPLaTeXを選んでますか。
ここも参考にしてください。
http://dokoka.org/wiki.cgi?page=TeXWorks%A4%C7%C6%FC%CB%DC%B8%EC%A4%AC%C9%BD%BC%A8%A4%B5%A4%EC%A4%CA%A4%A4%A1%A2%A4%C8%A4%A4%A4%A6%BB%FE%A4%CF
TeXworksで日本語が表示されな、いう時は