最新版の MinGW の autoconf は version 2.68 となっていて仕様が変更されているようですね．
autoconf version 2.67 ではこのメッセージは表示されませんでした．
もともと configure の警告を出力しないようにするための修正でしたので autoreconf を実行せずに
./configure --prefix=/mingw
make
make install
を実行してもらえば libxml2 のビルド・インストールができると思います．
インストール手順を最新版の MinGW に対応したものに修正したのでそちらを参照してインストールしてください．