何も目の前で製作なさっている文章を出して下さいと
言っているわけではありません。
たとえば、以下のような適当な文字列を並べて、問題が再現できる小さな例が作れれば、それを出して下さいということです。
\documentclass{jsarticle}
\usepackage{otf}
\begin{document}
\newcount\cMUL
\cMUL=0\relax
\loop\ifnum\cMUL<300 \advance\cMUL 1\relax
\noindent
森\UTF{9DD7}%
外と内田百\UTF{9592}%
%上の 2 行にある行末の % を削除する。いわゆる、行末の空白スペースの混入
とが\UTF{9AD9}島屋に行くところを想像した。
\CID{7652}飾区の\CID{13706}野屋にはおいしい牛鍋定食があるらしい。%
\repeat
\end{document}
もしかして、行数が増えてしまうのは、上の例のような 単に「行末の空白スペースの混入」だったりしないでしょうか? # 違っていたら、すみません。