奥村先生自らお答えいただき，大変恐縮です。ありがとうございます。
論文は，6章構成，付録ありで150ページほどになることから，
jsbookにしております。jreportでも問題ないのですが，
jsbookのほうが美しいと考えております。
お勧めいただいたドキュメントクラスにして実行してみました。
\documentclass[12pt,a4j]{jsbook}を変更して，
\documentclass[12pt,a4j][report]{jsbook}にしました。
その結果，次のエラーが出ました。
! LaTeX Error: File `.cls' not found.
.cls は，クラスファイルという意味だと思うのですが，
これは自分で用意しなければならないという理解でよろしいのでしょうか？
>全く標準的ではないということですよね
残念ながら、かなり支離滅裂です。（\headheight とか \voffset はそもそも何でしたか？）
少々複雑なページレイアウトになると、LaTeX 初心者がきちんと辻褄が合うようにパラメタを設定することは至難の業です。また、仮に LaTeX の設定としては整合していても、それが組版の専門の目から見て「まとも」かは別問題で、これをクリアするのはさらに困難です。一般に、素人が LaTeX のページレイアウトをいじるのは「タブー」とされることが多いですが、これは実際に素人の設定が滅茶苦茶であることが多いからです。
あまり欲を出さず、既存のもので「許容できる」のであればそれにしておくのが無難です。