正統な方法かわかりませんが，「オリジナルのクラス，パッケージのjobごとのファイル管理」という目的でしたら以下の方法で相対，絶対指定が一応可能ではあります．
\makeatletter
\def\input@path{{./Mydocument/}{c:/Mydocument/}}
\makeatother
\documentclass{mybook}
\usepackage{mystyle}
\begin{document}
text text text
\end{document}
graphicxパッケージの\graphicspathの中身もこれなので
図版用の指定にも使えます．
ただし，同名のファイルがTEXMFツリーにあればそちらが先に読まれますから，jboo.clsなどは置けません，再帰的にも読まないようです