/usr/local/share/texmf 以下に自作あるいはダウンロードしたクラスファイルを置かず、標準インストール後の状態をキープしたい、クラスファイルはMy Documents以下に置いて読み込みたいということですよね。
単純な方法は、My Documents/cls といったフォルダ以下にファイルを置いて、ソースからは絶対パスで
\documentclass{"C:/Documents and Settings/*****/My Documents/cls/jsarticle"}
というふうに指定する方法です。相対パスでも指定できました。
# やってみてできたので逆に驚きましたが。
で、毎回そういうふうに指定するのは面倒ですし、深いディレクトリから相対パスを指定するのは大変です。そのような場合は、
複数のTEXMFツリーを使う方法などを参考に、自分用のTEXMFツリーを設定すると、（必要ならmktexlsrを実行すれば）/usr/local/share/texmf 以外の場所にクラスファイルを置いても読み込んでくれるようになります。
なお、最近のW32TeXでは、そのような「汚したくない」用途のために、/usr/local/share/texmf-local というフォルダが用意されています。/usr/local/share/texmf はインストール直後のまま、texmf-localにダウンロードしたクラスファイル等を入れておけば、混ざって「汚れる」こともありません。こちらは、上でリンクしたような設定をおこなわなくても標準で利用できます。TeXの更新をおこなう時は、このフォルダだけどこかに退避させればいいわけです。