たまたま見つけたコードですので読み違いかもしれませんが。
makeindex/src/mkind.c の
static void prepare_idx(VOID_ARG) 内の289行目、290行目に以下のような記述があります。
if (head == (NODE_PTR)NULL)
FATAL("No valid index entries collected.\n", "");
NULL になるのは malloc で領域取得失敗したときで、その時点で FATAL エラーにはなっています。 ですので上記のコードはフェールセーフなコード故に実際に動くことはありません。
しかし、このコードから、makeindex も当初はエントリー無しはエラーにしたかったのではと思えてきました。
エントリー無しは軽微なエラーだとしてスルーして欲しい気持ちは理解できますが、 その逆も有りだとも考えることができます。
以上から、私見では有りますが、mended/upmendex に makeindex のこの挙動に準拠するようなオプションを追加した方が良いように思っています。