ut さんのパッチを適用して TL2025 で試してみました。
ログファイルには、以下のように ut さんの意図されたと思われる 警告メッセージが記録jはされているのですが
663:LaTeX Warning: Marginpar on page 3 moved.
682:LaTeX Warning: Marginpar on page 4 moved.
712:LaTeX Warning: Marginpar on page 6 moved.
715:LaTeX Warning: Marginpar on page 6 moved.
731:LaTeX Warning: Marginpar on page 6 moved.
809:LaTeX Warning: Marginpar on page 6 is split.
頭注部分での一部文字送り?が変わっているのと、行間が若干広くなって しまい、長い注釈の場合さらにはみ出ているようです。
mr2h さんの提供された .pdf と比較した diff-pdf の結果を添付します。
「赤」の部分は mr2h さんの、「シアン」の部分は ut さんのパッチを適用したものです。