不具合じゃなくって，想定されている仕様ですね，これは
\usepackage{etoolbox}
\newcounter{sectionID}
\pretocmd{\section}{%
\stepcounter{sectionID}%
\xdef\theHsection{\thesectionID}%
}{}{}
これを
\usepackage[....]{hyperref}
より下に貼るといけると思います。
hyperrefのマニュアルで「counter」を検索すると \theH の説明があるので
それを単純に\sectionに埋め込んでいます．
\theHの説明にリンクのターゲットをどうやって決めているかの話があって
番号が一意ではないときはどうするかとか書いてあります．
hyperrefはとにかくいろいろと複雑です．