当該メッセージそのもので検索すると
https://tex.stackexchange.com/questions/567285/package-caption-warning-unknown-document-class-or-package-standard-defaults
が出てきますが，stackexchangeのこの質問と同じでしょう．
TeXmakerは関係ありません．
自作クラスファイルでcaptionパッケージが使われているはずで
うまくいっている環境のcaptionパッケージと
そうではない環境のcaptionパッケージが違うのです．
たぶん，うまくいっている方はver.2かver.1で，
そうではないのはver.3じゃないかなと思います
一番単純な対症療法は，うまくいっている方のcaption.styを作業ディレクトリに
コピーしてみることですが，caption packageには
日付つきの亜種がいっぱいあるので
それを試してみるのもありかもしれません．
（kpsewhich caption.styででてくるフォルダにいっぱいある）
実際は，警告であってエラーではないので処理はできているはずです．
その処理結果が期待したものでないのであれば，
自作クラスファイルをきちんと改修するのが正攻法なんですが，
結構厄介なんじゃないかなと思います．
texdoc caption
でcaption packageのドキュメントをみることもお勧めします．5節が今回の事象に相当するかと．