大学の研究室でずっと使っている自作クラスファイルの部分で警告文が出されてコンパイルできません．
今年度研究室に配属になった生徒だけがコンパイルできない状態です．
Unknown document class (or package),(caption) standard defaults will be used
上にあるのが出てくる警告文です．
情報がほとんどないので，回答するのは大変と思います．
1. 「今年度研究室に配属になった生徒だけがコンパイルできない」ということは，その学生さんの個人PCにTeXをインストールし，そこで発生した現象でしょうか？
2. もし1.がYESとして，OSの種類，インストールしたTeXシステム，統合環境は何でしょうか？
2.1 学生さんのPC上で，最も簡単な例のTeX文書（例えば https://texwiki.texjp.org/?LaTeX入門/最初の例 とか）は正常にタイプセットできますか？
2.2 そのクラスファイルは学生さんのPCのどのディレクトリに保存されていて，TeXシステムはその場所を認識できているのでしょうか？
3. 研究室に既存のコンピュータにインストールされているTeXシステムは何ですか？またこちらでは学生さんのところでコンパイルできないTeXソースファイルがタイプセットできるのですよね？
4. 問題を再現できる「自作クラスファイル」の部分とテスト用のTeXソースファイルを開示して下さい．
1. 「今年度研究室に配属になった生徒だけがコンパイルできない」ということは，その学生さんの個人PCにTeXをインストールし，そこで発生した現象でしょうか？
2. もし1.がYESとして，OSの種類，インストールしたTeXシステム，統合環境は何でしょうか？
2.1 学生さんのPC上で，最も簡単な例のTeX文書（例えば https://texwiki.texjp.org/?LaTeX入門/最初の例 とか）は正常にタイプセットできますか？
2.2 そのクラスファイルは学生さんのPCのどのディレクトリに保存されていて，TeXシステムはその場所を認識できているのでしょうか？
3. 研究室に既存のコンピュータにインストールされているTeXシステムは何ですか？またこちらでは学生さんのところでコンパイルできないTeXソースファイルがタイプセットできるのですよね？
4. 問題を再現できる「自作クラスファイル」の部分とテスト用のTeXソースファイルを開示して下さい．
当該メッセージそのもので検索すると
https://tex.stackexchange.com/questions/567285/package-caption-warning-unknown-document-class-or-package-standard-defaults
が出てきますが，stackexchangeのこの質問と同じでしょう．
TeXmakerは関係ありません．
自作クラスファイルでcaptionパッケージが使われているはずで
うまくいっている環境のcaptionパッケージと
そうではない環境のcaptionパッケージが違うのです．
たぶん，うまくいっている方はver.2かver.1で，
そうではないのはver.3じゃないかなと思います
一番単純な対症療法は，うまくいっている方のcaption.styを作業ディレクトリに
コピーしてみることですが，caption packageには
日付つきの亜種がいっぱいあるので
それを試してみるのもありかもしれません．
（kpsewhich caption.styででてくるフォルダにいっぱいある）
実際は，警告であってエラーではないので処理はできているはずです．
その処理結果が期待したものでないのであれば，
自作クラスファイルをきちんと改修するのが正攻法なんですが，
結構厄介なんじゃないかなと思います．
texdoc caption
でcaption packageのドキュメントをみることもお勧めします．5節が今回の事象に相当するかと．
https://tex.stackexchange.com/questions/567285/package-caption-warning-unknown-document-class-or-package-standard-defaults
が出てきますが，stackexchangeのこの質問と同じでしょう．
TeXmakerは関係ありません．
自作クラスファイルでcaptionパッケージが使われているはずで
うまくいっている環境のcaptionパッケージと
そうではない環境のcaptionパッケージが違うのです．
たぶん，うまくいっている方はver.2かver.1で，
そうではないのはver.3じゃないかなと思います
一番単純な対症療法は，うまくいっている方のcaption.styを作業ディレクトリに
コピーしてみることですが，caption packageには
日付つきの亜種がいっぱいあるので
それを試してみるのもありかもしれません．
（kpsewhich caption.styででてくるフォルダにいっぱいある）
実際は，警告であってエラーではないので処理はできているはずです．
その処理結果が期待したものでないのであれば，
自作クラスファイルをきちんと改修するのが正攻法なんですが，
結構厄介なんじゃないかなと思います．
texdoc caption
でcaption packageのドキュメントをみることもお勧めします．5節が今回の事象に相当するかと．