一番簡単には\appendixの次行に
\makeatletter
\renewcommand{\thesection}{\presectionname\@arabic\c@section\postsectionname}%←ltjsarticleオリジナルは@arabicではなく@AlphなのでA, B, C,...となる
\makeatother
と3行加えて，付録内でのセクションの書式を変更して下さい．
＃プリアンブルで\appendix命令の書換えをするのが本筋とは思いますが．．．