検証ありがとうございました。ファイルの保存方法で色が変わってしまうことに関して私のコードに問題があるのではないかと思ったため質問させていただいただけで、通常は「アイコン」や「ファイルに保存」を使用しております。
pdfのバージョン（？）の違いが原因と分かり助かりました。
goodnoteから書き出した際には色が黒くなってしまいますが、黒くなってしまったものをacrobatで開きファイルに保存すると色が元に戻るようですので今後はgoodnoteで注釈後、そのような手順でpdfを保存していこうと思います。