目次の配置ですが，一番最初に出てきた見出しが版面の左にそろい，その他は見出しのレベルに応じて左右に移動するようにしていましたので，その影響です．\setcounter{tocdepth}{6}とすると状況がわかるかと思います．現状では髙橋政晴さんの提案されたようにするのがよいかと思います．
とりあえず目次に出てこないのが影響するのはおかしいので，それは無視するようにしてみました．（ https://github.com/abenori/jlreq/commit/1006e3402b5ec2cb6da3cd598cd907f61a0dc5ea ）本当は最高レベルのものを起点にするとよいのでしょうが．