一般フォーラム

ほんとだ！ newtxのドキュメントにも書いてありましたね。

皆さん、ありがとうございます。
・はやてさんのリンク先にあるように、\usepackage[defaultsups]{newtxtext}でtimes系のフォントにしたまま理想通りの脚注を出力出来ました...！（ありがとうございます。）
・奥村さんの返信内容をコピペで試したところ、やはり数字は上付きで括弧は非上付きとなりました...。
正直、オプションにdefaultsupsを加えることの意味はさっぱりなのですが、希望と両立できたので満足しています。

それですよね．
newtxは脚注をいじってしまうんですが
フォントの変更で脚注が変わるってのは，地雷だと思います．
tweetで言及されているとおりjsclassesのマニュアルには明示されてますが，
正直，厳しいですよね．

newtxでは脚注の（本文中）マークは「\sustyle」で変更されますが，
これは欧文のフォント変更　\fontfamily{ntxsups}\selectfont とほぼ同じで，
脚注マークの末尾の和文のパーレンは適用されないでそのままでてくるってところでしょうか

上付き文字が「上付き文字用フォント」で組まれるのがデフォルトで
「上付き文字用フォント」への変更の命令が\sustyte（=SUperscriptSTYLE）なんだと
思います．

＃こういうのもあって，cls書くときにはフォント関係はとにかく最初の方に
＃可能な限りまとめることにしてます．

「\usepackage{newtxtext}」と書くのであれば、とりあえず以下のようにnewtxtextパッケージ内で脚注を置き換えている箇所を強制的に戻してあげるぐらいでしょうか。
（もしくは、「\usepackage{newtxtext}」と書かずに、NewTXフォントを使うように書いてあげるぐらいですね。）

\documentclass{jlreq}
\makeatletter
\let\clone@thefootnote\thefootnote\let\clone@@makefnmark\@makefnmark
\usepackage{newtxtext}
\let\thefootnote\clone@thefootnote\let\@makefnmark\clone@@makefnmark
\let\clone@thefootnote\relax\let\clone@@makefnmark\relax
\makeatother
\begin{document}
みんな脚注\footnote{これが脚注です}が大好き．
\end{document}

ちなみに、New PXフォント（newpxtextパッケージ）も同様です。