パッチの方のログファイルを探してみましたが、どうしても見つけることができませんでした。
解決や再現例作成の手がかりの提供をできず、申し訳ございません。
返信中にある通り、本来の目的として私は「GUIアプリケーション上でヒラギノフォントを用いた組版ができるようになる」というものを立てていましたので、現状はそれで満足しております。
自分の方でも何が何かを理解していない状態でコマンド（ターミナル上で）の実行を繰り返しておりましたので、何がヒラギノを使えるようにしたのかは分かりません。
しかし、１回目のパッチの実行の後、「私のPCにヒラギノについてのフォントマップがない」ということがわかり、それをインストールして２回目の実行に移ったということがありましたが、それによる影響はあるのかは自分にはわかりません。（最終的には上の私の投稿にあるコマンドを実行した結果使えるようになったため、影響は無いかな？）
これから先、再びフォーラムでお世話になることがあるかもしれませんが、その時はよろしくお願いします。