PDFViewerの問題とのことで，納得いたしました．
upLaTeX+dvipdfmxで作成したPDFではコピーがうまくいく
（例えば先の例でドキュメントクラスを
「\documentclass[autodetect-engine,dvi=dvipdfmx,ja=standard]{bxjsarticle}」
に変更してそれぞれでコンパイルしました）
ので，できればLuaLaTeXでも同様の結果を得たいと思っておりましたが，小手先でどうにかできる問題ではない（エンジンの実装レベル？）ということなんでしょうか．