すみません。しつこいようですが、「本来は Latin Modern 側で対応すべき」と「思う」根拠が今一つ把握できていません。もう少し詳しく述べて頂けると有り難いのですが。
ほとんどのフォントパッケージは自分が提供するエンコーディング以外についてのフォールバック処理は行っていないのはご存知だと思います。例えば、txfonts を読んでエンコーディングを LGR や T3 に切り替えると、「予想通り」無効な設定になります。ここで何か有効なフォントにフォールバックすべきと考える人は少ないと思います。
だとすると lmodern の何が特別なのかということがポイントになると思います。また、対応すべきなのは T2A や LGR といった「メジャー」なものだけに限るのか、それとも TS3 や T2D といったマイナーなエンコーディングも含むのかにも興味があります。