ZRさん，皆さん，こんばんは。
話題が少し拡散気味で，しかも元の話題（cm-super）と離れてきたので，スレッドを分けようと思います。とりあえずLatin Modernとギリシャ語，ロシア語などの非ラテン言語との共存については最新版をチェックしました。近々別スレッドで報告いたします。
簡単に言えば，ギリシャ語についてはcbfonts側で対応（2008年1月版より）することにより，現在はLatin Modernと共存できるようになっています。ロシア語については未確認ですが，少なくともLHフォントのパッケージには含まれていないようです。こちらもそのうち整理して報告します。
最新版のBabel（3.8l）もfrenchb.ldfやspanish.ldfなどで小さな問題（命令の競合など）を抱えているようです。こちらも追って報告します。