研究室のTeX環境を更新したのと同時に，自宅PCのTeX環境を美文書4版のCDROMからインストールしたものを削除し，TeX Wikiの手順でtexinst757を用いて同一ディレクトリに再インストールしました．
dvi，pdfファイルが作成されることは確認できたのですが，pdfファイルのタイトル（日本語）が文字化けするようになってしまいました．これは何が原因なのでしょうか？
texファイルには
\ifnum 42146=\euc"A4A2 \AtBeginDvi{\special{pdf:tounicode EUC-UCS2}}\else
\AtBeginDvi{\special{pdf:tounicode 90ms-RKSJ-UCS2}}\fi
をプリアンブルに入れてあります．
nDiki または ps2pdf/dvipdfmx で日本語 PDF を作る を参照されているのだと思いますが，ソースに記入してある文字コード判定とおまじないは正しいように思います．.tex->.dvi->.pdf と変換するときのコマンド名を確認してみるのが最優先でしょうか．(platex->dvipdfmx ??)
元の質問者のかたと環境が違いますが，Shift_JIS エンコーディングで，Cygwin 上に ptetex3-20080616 をコンパイルしたもの (デフォルトのエンコーディングは SJIS) を使った限りでは文字化けしません．
おまじないの違いを考えると，環境の差異で解消するような問題ではないと思うのですが・・・．
%%% source (texforum299.tex)
\documentclass[11pt]{jsarticle}
\ifnum 42146=\euc"A4A2 \AtBeginDvi{\special{pdf:tounicode EUC-UCS2}}\else
\AtBeginDvi{\special{pdf:tounicode 90ms-RKSJ-UCS2}}\fi
\usepackage[dvipdfm,%
%%% PDF-specific display options
bookmarks=true,% しおりの表示
bookmarksopen=true,% しおりを展開した状態にする % dvipdfm -E / dvipdfmx -O number と併用する
bookmarksnumbered=true,% しおりに節番号などを含む
%%% PDF display and information options
%% Ctrl+D で出力される「文書のプロパティ」-> 「概要」に載せる情報
pdftitle={日本語の表現テスト},% タイトル
pdfsubject={カタカナのソ},% サブタイトル
pdfauthor={kuroky +},% 作成者
pdfkeywords={キーワードたち},% キーワード
pdfdisplaydoctitle=true% ファイル名でなく文書タイトルをバーに表示する
]{hyperref}
\begin{document}
\section{こことか}
\section{そことか}
\end{document}
% commands
platex texforum299.tex; platex texforum299.tex; platex texforum299.tex
dvipdfmx texforum299.dvi
おまじないの違いを考えると，環境の差異で解消するような問題ではないと思うのですが・・・．
%%% source (texforum299.tex)
\documentclass[11pt]{jsarticle}
\ifnum 42146=\euc"A4A2 \AtBeginDvi{\special{pdf:tounicode EUC-UCS2}}\else
\AtBeginDvi{\special{pdf:tounicode 90ms-RKSJ-UCS2}}\fi
\usepackage[dvipdfm,%
%%% PDF-specific display options
bookmarks=true,% しおりの表示
bookmarksopen=true,% しおりを展開した状態にする % dvipdfm -E / dvipdfmx -O number と併用する
bookmarksnumbered=true,% しおりに節番号などを含む
%%% PDF display and information options
%% Ctrl+D で出力される「文書のプロパティ」-> 「概要」に載せる情報
pdftitle={日本語の表現テスト},% タイトル
pdfsubject={カタカナのソ},% サブタイトル
pdfauthor={kuroky +},% 作成者
pdfkeywords={キーワードたち},% キーワード
pdfdisplaydoctitle=true% ファイル名でなく文書タイトルをバーに表示する
]{hyperref}
\begin{document}
\section{こことか}
\section{そことか}
\end{document}
% commands
platex texforum299.tex; platex texforum299.tex; platex texforum299.tex
dvipdfmx texforum299.dvi
たくさんのご返信ありがとうございます．
いくら私の環境についての説明が不足しておりました．
エンコーディング：UTF-8
使用コマンド：platex -kanji=utf8，dvipdfmx
本題のhyperrefの話ですが，バージョンが新しくなって
いることが原因とのことですが，バージョンを下げるこ
とは可能なのでしょうか？何でも新しければいいと言う
わけではないのですね
解は前に与えてあります。バージョンを下げる必要は
ありません。入力が UTF-8 でも内部は sjis になって
いるので、以下で ok です。
確かめられましたか?
\usepackage{atbegshi}
\AtBeginShipoutFirst{\special{pdf:tounicode 90ms-RKSJ-UCS2}}