dvipdfmxがPDFを作成するときに日本語フォントを埋め込んでいないのでxpdfでは表示されない，というのが
実際の現象だと思います．
Acrobatはそのような場合，Acrobat自身が持っているフォントで代替表示します．
dvipdfmxにPDF作成時に埋め込むフォントを設定しておけばよいかと思います．
以下をご参考に：
https://texwiki.texjp.org/?dvipdfmx%2F%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%B3%E3%83%88%E3%81%AE%E8%A8%AD%E5%AE%9A
https://texwiki.texjp.org/?TeX%E3%81%A8%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%B3%E3%83%88#ge692ee0
＃ubuntuをお使いとのことですので，IPAフォント，IPAexフォントは既に導入済みのはずです