※ 既に解決されたようですので、これは、古いシステムを使い続けている怠け者の余計な疑問です。
（確かに、少し検索してみた限りでは、リガチャを抑制するにはどうしたらいいか、というような質問が出ていたのは、もう何年も前のことのようです）
texlive2019 に更新をすれば解決ということのようですが、texlive2019 にすれば、どのエンジン、どのフォント、どの pdf ビューアでも、リガチャのコピペがうまくいくようになったのでしょうか？
私の手元の、
This is pdfTeX, Version 3.1415926-2.5-1.40.13 (TeX Live 2012/W32TeX) (format=pdflatex 2012.8.18)
This is e-pTeX, Version 3.1415926-p3.3-110825-2.5 (sjis) (TeX Live 2012/W32TeX) (format=platex 2012.8.4)
This is dvipdfmx-20120420 by the DVIPDFMx project team,
modified for TeX Live,
an extended version of dvipdfm-0.13.2c developed by Mark A. Wicks.
という、うんと古いシステムで、Computer Modern のママで、
ff fi fl ffi ffl
について試してみましたら、
・ pdflatex --(Adobe Reader X)--> 〔何もコピペされず〕
・ platex + dvipdfmx --(Adobe Reader X)--> ff ffi ffl
となりました。
なお、検索でヒットした古い質問では、Evince とか Sumatra PDF だとうまくいくという回答が見られましたが、手元の Google Chrome 経由でも、（行末の場合を除けば）うまくコピペできました。