pandoc はまだ試していません．時間のある時に行おうと思います。
実は、latex2rtf が通った他の２つのファイルも，IEEEtran.cls ではじまるものです．
latex2rtf は，知らないコマンドがあっても，igonred して，コンパイルを進めるようです．
実は，英文法チェックのサイトではword 形式を受け付けますが，最終的にテキストに変換して処理します．
そのときに欲しいのは数式のないもの（できれば，数式がある特定の文字に置き換わっているもの）です．
したがって，数式が削除されないというのは，私にとってはあまり利点ではありません．
latex2rtfが通らなったファイルも、途中までうまくいっていたようで，途中でおかしくなっています。しかも，エラーの行表示があるのですが，どうやら生成された rtf ファイルでの行表示で，しかも，rtf ファイルはきちんと生成されていないので，開けないという状況です．
したがって，エラーの箇所の行が表示されていますが，全く意味がありません．
結局，latex2rtfが通らなったファイルと通ったファイルとの違いも良くわからない状況です．