> 1. ページ番号のみのコマンドが効いていません．
どう出したいですか？ コマンド列から正確に意図が読めないので，自然言語で説明してみてください．
> 2. Contentsページの数字の箇条書きを丸がついていない普通の数字にするにはどうすればよいでしょうか．
\setbeamertemplate{section in toc}[sections numbered]
をプリアンブルに書けばよいと思います．
> 3. ¥usepackage{bm}による数式太字命令も効いていません．
bmパッケージは，数式中で $\bm{a}$ のように囲まれた（この場合 $a$）を太字にするというパッケージです．全体を太字にしたい場合，\boldmath という命令を適当な場所に書いておけばよいと思います（あまりよいお作法ではないかもしれません）．