私もちょうど updmap を始め TeX 関係の一連のコマンドが /usr/local/bin に存在しているのに気づいたところです。ファイルの日付を見るといずれも2005年とか2006年のファイルです。
環境を引き継ぎ引き継ぎしながら現在まできているので、こんなことになってしまったようです。
とりあえず /usr/local/bin 以下の「updmap」「mktexlsr」「kpsewhich」の３つのファイルのファイル名に「-old」を追加してしのぎましたが、確かに PATH を変更した方がスマートでしたね。
/usr/local/bin を整理したいですが、ちょっと手をつけられないですね。
（追記）と思ったのですが、その後 /usr/local/bin 以下の一連のファイルを見たところ、存在するのは TeX関連のファイルだけのようなので、 /usr/local/bin をバックアップした上で 中身を全部削除しました。大丈夫かどうかわかりませんが、トラブったらバックアップから適宜戻そうと思います。