今のバージョンはptexpdf[.lua] version 0.4
machineは、mac Yosemiteです。
eclbkbox.sty は http://www.biwako.shiga-u.ac.jp/sensei/kumazawa/tex/eclbkbox.html あたりから
ダウンロードできるようですが‥‥
》 downloadするところをクリックするとnot foundになります。
あ、リンク切れかな？
emath のページにも転載されているようなのでそこから
入手してみてはいかがでしょうか
http://emath.s40.xrea.com/xdir/sonota.htm
にある eclbkbox.lzh というのがそうだと思います。
texmf-dist/doc/latex/boites/boites.pdf
texmf-dist/doc/latex/boites/demo.pdf
texlive に同梱されていますので \usepackage{boites} を入れれば良いです。
ターミナルで kpsewhere boites.sty と入力すると 例えば texlive 2016 であれば
/usr/local/texlive/2016/texmf-dist/tex/latex/boites/boites.sty
となります。
先ほど例示した demo.pdf も
/usr/local/texlive/2016/texmf-dist/doc/latex/boites/demo.tex
にありますので参考にしてください。一応、この demo.tex でコンパイルして見ましたがページまたがりで枠が表示されています。
註記ってこんな感じで書いたのかな？
outside breakbox \footnote{outside breakbox}% これは普通通りに表示される
\begin{breakbox}
inside breakbox \footnote{inside breakbox} % こっちをやりたいのですね
\end{breakbox}
こうすると breakboxの内側の footnote にも番号が振られているのですが ...
https://www.ctan.org/tex-archive/macros/latex/contrib/boites のFeatures の最後に以下の制限が載っていますので仕様のようです。
- Floating material, footnotes, marginpars appearing inside them will be lost.
footnotemark と footnotetext を以下のようにして見てはいかがでしょうか？
\begin{breakbox}
inside breakbox \footnotemark
inside breakbox \footnotemark
\end{breakbox}
\footnotetext[1]{1st}
\footnotetext[2]{2nd}
この方法は、footnotemark の順番と footnotetextのをいつも把握しなければならないので、もっとダイナミックにやるなら http://tex.stackexchange.com/questions/16866/how-can-i-use-footnotemark-with-a-ref-argument を参考に \label と \ref を利用する方法があるかと思います。
# boites に似たスタイルファイル framed がありますね ...
もう解決なさったようですが，eclbkbox.sty は下にあります。
http://mechanics.civil.tohoku.ac.jp/bear/bear-collections/style-files/style-fj.html
なお，footnote は breakbox 内ではダメなので，次のようにしたら
うまくでます。
-------------
\documentstyle[eclbkbox]{jarticle}
\title{Fragile Frames}
\author{Hideki Isozaki\\NTT Basic Research Labs}
\date{October 17, 1992}
\begin{document}
\maketitle
\begin{itemize}
\item asohdfrylk jskjhdfkjlfgks jdljfkjfhl kjfhkfkjd fkjhfdhkjhdgf
sl kjhds gfllskjhb gfhlfk jgfh lkjgf hlkfjh gflkjhgk
hdfsh fhglks hfjhgfdjh gldkjfh lfjbak
\begin{breakbox}
jalshuitb
\begin{itemize}
\item asohdfrylk jskjhdfkjlfgks jdljfkjfhl kjfhkfkjd fkjhfdhkjhdgf
sl kjhds gfllskjhb gfhlfk jgfh lkjgf hlkfjh gflkjhgk\footnotemark{}
\begin{breakbox}
kjhgfhgsir jslbcxgy klsjkjbctry jlks kjdfsuy
jshdytr sjbreyi smdkjywg nbcjtt alslaiu ja
joury jkabahr jkdie jshdiue\footnotemark{}
kjhgfhgsir jslbcxgy klsjkjbctry jlks kjdfsuy
jshdytr sjbreyi smdkjywg nbcjtt alslaiu ja
joury jkabahr jkdie jshdiue
\end{breakbox}
\item asohdfrylk jskjhdfkjlfgks jdljfkjfhl kjfhkfkjd fkjhfdhkjhdgf
sl kjhds gfllskjhb gfhlfk jgfh lkjgf hlkfjh gflkjhgk
\end{itemize}
\begin{verbatim}
!@#$%^&*()-+ !@#$%^&*()-+
!@#$%^&*()-+ !@#$%^&*()-+
\end{verbatim}
\end{breakbox}
\addtocounter{footnote}{-1}
\footnotetext{this is a footnote one.}
\addtocounter{footnote}{1}
\footnotetext{this is a footnote two.}
\item asohdfrylk jskjhdfkjlfgks jdljfkjfhl kjfhkfkjd fkjhfdhkjhdgf
sl kjhds gfllskjhb gfhlfk jgfh lkjgf hlkfjh gflkjhgk
\item asohdfrylk jskjhdfkjlfgks jdljfkjfhl kjfhkfkjd fkjhfdhkjhdgf
sl kjhds gfllskjhb gfhlfk jgfh lkjgf hlkfjh gflkjhgk
\begin{itemize}
\item asohdfrylk jskjhdfkjlfgks jdljfkjfhl kjfhkfkjd fkjhfdhkjhdgf
sl kjhds gfllskjhb gfhlfk jgfh lkjgf hlkfjh gflkjhgk
\bkcounttrue
\begin{breakbox}
jalshuitb
\begin{itemize}
\item asohdfrylk jskjhdfkjlfgks jdljfkjfhl kjfhkfkjd fkjhfdhkjhdgf
sl kjhds gfllskjhb gfhlfk jgfh lkjgf hlkfjh gflkjhgk
\item asohdfrylk jskjhdfkjlfgks jdljfkjfhl kjfhkfkjd fkjhfdhkjhdgf
sl kjhds gfllskjhb gfhlfk jgfh lkjgf hlkfjh gflkjhgk
\begin{breakbox}
kjhgfhgsir jslbcxgy klsjkjbctry jlks kjdfsuy
jshdytr sjbreyi smdkjywg nbcjtt alslaiu ja
joury jkabahr jkdie jshdiue
\bkcountfalse
\begin{breakbox}
kjhgfhgsir jslbcxgy klsjkjbctry jlks kjdfsuy
jshdytr sjbreyi smdkjywg nbcjtt alslaiu ja
joury jkabahr jkdie jshdiue
kjhgfhgsir jslbcxgy klsjkjbctry jlks kjdfsuy
jshdytr sjbreyi smdkjywg nbcjtt alslaiu ja
joury jkabahr jkdie jshdiue
\end{breakbox}
kjhgfhgsir jslbcxgy klsjkjbctry jlks kjdfsuy
jshdytr sjbreyi smdkjywg nbcjtt alslaiu ja
joury jkabahr jkdie jshdiue
\end{breakbox}
\item asohdfrylk jskjhdfkjlfgks jdljfkjfhl kjfhkfkjd fkjhfdhkjhdgf
sl kjhds gfllskjhb gfhlfk jgfh lkjgf hlkfjh gflkjhgk
\end{itemize}
\begin{verbatim}
!@#$%^&*()-+ !@#$%^&*()-+
!@#$%^&*()-+ !@#$%^&*()-+
\end{verbatim}
\end{breakbox}
\end{itemize}
\end{itemize}
\end{document}
http://mechanics.civil.tohoku.ac.jp/bear/bear-collections/style-files/style-fj.html
なお，footnote は breakbox 内ではダメなので，次のようにしたら
うまくでます。
-------------
\documentstyle[eclbkbox]{jarticle}
\title{Fragile Frames}
\author{Hideki Isozaki\\NTT Basic Research Labs}
\date{October 17, 1992}
\begin{document}
\maketitle
\begin{itemize}
\item asohdfrylk jskjhdfkjlfgks jdljfkjfhl kjfhkfkjd fkjhfdhkjhdgf
sl kjhds gfllskjhb gfhlfk jgfh lkjgf hlkfjh gflkjhgk
hdfsh fhglks hfjhgfdjh gldkjfh lfjbak
\begin{breakbox}
jalshuitb
\begin{itemize}
\item asohdfrylk jskjhdfkjlfgks jdljfkjfhl kjfhkfkjd fkjhfdhkjhdgf
sl kjhds gfllskjhb gfhlfk jgfh lkjgf hlkfjh gflkjhgk\footnotemark{}
\begin{breakbox}
kjhgfhgsir jslbcxgy klsjkjbctry jlks kjdfsuy
jshdytr sjbreyi smdkjywg nbcjtt alslaiu ja
joury jkabahr jkdie jshdiue\footnotemark{}
kjhgfhgsir jslbcxgy klsjkjbctry jlks kjdfsuy
jshdytr sjbreyi smdkjywg nbcjtt alslaiu ja
joury jkabahr jkdie jshdiue
\end{breakbox}
\item asohdfrylk jskjhdfkjlfgks jdljfkjfhl kjfhkfkjd fkjhfdhkjhdgf
sl kjhds gfllskjhb gfhlfk jgfh lkjgf hlkfjh gflkjhgk
\end{itemize}
\begin{verbatim}
!@#$%^&*()-+ !@#$%^&*()-+
!@#$%^&*()-+ !@#$%^&*()-+
\end{verbatim}
\end{breakbox}
\addtocounter{footnote}{-1}
\footnotetext{this is a footnote one.}
\addtocounter{footnote}{1}
\footnotetext{this is a footnote two.}
\item asohdfrylk jskjhdfkjlfgks jdljfkjfhl kjfhkfkjd fkjhfdhkjhdgf
sl kjhds gfllskjhb gfhlfk jgfh lkjgf hlkfjh gflkjhgk
\item asohdfrylk jskjhdfkjlfgks jdljfkjfhl kjfhkfkjd fkjhfdhkjhdgf
sl kjhds gfllskjhb gfhlfk jgfh lkjgf hlkfjh gflkjhgk
\begin{itemize}
\item asohdfrylk jskjhdfkjlfgks jdljfkjfhl kjfhkfkjd fkjhfdhkjhdgf
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jalshuitb
\begin{itemize}
\item asohdfrylk jskjhdfkjlfgks jdljfkjfhl kjfhkfkjd fkjhfdhkjhdgf
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jshdytr sjbreyi smdkjywg nbcjtt alslaiu ja
joury jkabahr jkdie jshdiue
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\begin{breakbox}
kjhgfhgsir jslbcxgy klsjkjbctry jlks kjdfsuy
jshdytr sjbreyi smdkjywg nbcjtt alslaiu ja
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\end{breakbox}
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jshdytr sjbreyi smdkjywg nbcjtt alslaiu ja
joury jkabahr jkdie jshdiue
\end{breakbox}
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\end{itemize}
\begin{verbatim}
!@#$%^&*()-+ !@#$%^&*()-+
!@#$%^&*()-+ !@#$%^&*()-+
\end{verbatim}
\end{breakbox}
\end{itemize}
\end{itemize}
\end{document}