uplatex の場合には
set COMMAND_LINE_ENCODING=utf8& uplatex -shell-escape -sjis-terminal test.tex
を3行つけることで、shift jisなどの禁則文字を含んだファイルも読み込むことができました。
pdfpagesも同様に
set COMMAND_LINE_ENCODING=utf8& ptex2pdf -shell-escape -sjis-terminal test.tex
とやってみましたがうまくいきませんでした。
どなたか方法を教えてください。