十分に検証をする時間を取れないままフォーラムで質問することをお許し下さい。
\documentclass{ltjsarticle}
%\documentclass{jsarticle}
\begin{document}
溺
\end{document}
上記をlualatexで処理すると、「塡」になります。platex+dvipdfmxでは正常に「溺」になります。
PDFの閲覧にはevinceを使っています。xpdfで表示しても同様です。
「塡」と表示された文字をEmacsやターミナルにペーストすると「溺」に戻っています。
OSはUbuntu 16.04です。
$ lualatex --version |head -1
This is LuaTeX, Version beta-0.80.0 (TeX Live 2015/Debian) (rev 5238)
$ grep ProvidesPackage /usr/share/texlive/texmf-dist/tex/luatex/luatexja/luatexja.sty
\ProvidesPackage{luatexja}[2015/11/03 Japanese Typesetting with Lua(La)TeX]
LaTeXに関しては最新を追わずに、OSのリポジトリが提供するバージョンを使う方針にしておりますので、もし、最新版で既に修正されている場合はご容赦下さい。
追記:
双方のpdfのフォントを比較すると、luatexjaの方がIPAexMincho埋め込み、platex+dvipdfmxの方がRyumin-Lightの非埋め込みになっていました。こちらのIPAexMinchoの設定方法に何か原因があるのかも知れません。
lualatex (luatex-ja) について
TeX Live 2015 最終版と TeX Live 2016 最新版で試したところ
TeX Live 2015 最終版では「塡」に化けましたが
TeX Live 2016 最新版では正常に「溺」が出ました。
(化けたほうの PDF を一応添付してみます)
TeX Live 2015 最終版と TeX Live 2016 最新版で試したところ
TeX Live 2015 最終版では「塡」に化けましたが
TeX Live 2016 最新版では正常に「溺」が出ました。
(化けたほうの PDF を一応添付してみます)