十分に検証をする時間を取れないままフォーラムで質問することをお許し下さい。
\documentclass{ltjsarticle}
%\documentclass{jsarticle}
\begin{document}
溺
\end{document}
上記をlualatexで処理すると、「塡」になります。platex+dvipdfmxでは正常に「溺」になります。
PDFの閲覧にはevinceを使っています。xpdfで表示しても同様です。
「塡」と表示された文字をEmacsやターミナルにペーストすると「溺」に戻っています。
OSはUbuntu 16.04です。
$ lualatex --version |head -1
This is LuaTeX, Version beta-0.80.0 (TeX Live 2015/Debian) (rev 5238)
$ grep ProvidesPackage /usr/share/texlive/texmf-dist/tex/luatex/luatexja/luatexja.sty
\ProvidesPackage{luatexja}[2015/11/03 Japanese Typesetting with Lua(La)TeX]
LaTeXに関しては最新を追わずに、OSのリポジトリが提供するバージョンを使う方針にしておりますので、もし、最新版で既に修正されている場合はご容赦下さい。
追記:
双方のpdfのフォントを比較すると、luatexjaの方がIPAexMincho埋め込み、platex+dvipdfmxの方がRyumin-Lightの非埋め込みになっていました。こちらのIPAexMinchoの設定方法に何か原因があるのかも知れません。