藤田@湘南情報数理化学研究所です．
dvipdfm --> dvipdfmx変更は，xymtexpdfモードの
デフォルトオプションをdvipdfmからdvipdfmxに
変更すればよいのではないかとおもいます．ただ
このようにした場合は，どんな影響がでるか
調べなければならないので，しばらく時間が
かかります．
ここ数年は，有機立体化学に関する書籍
Shinsaku Fujita "Mathematical Stereochemistry",
De Gruyter (2015)
http://www.degruyter.com/view/product/431387
の執筆出版に専念していましたので，書籍出版に
実績のあるxymtexpsモード (PSTricks使用)
でdviを作成して，dvips/distillerでpdfに
変換する方法をもっぱらにしていました．
dvipdfmxについては，本田さんの書き込み
(Re: dvipdfmx は使ってはいけないのか？
2016年 06月 22日(水曜日) 20:52 - 本田 知亮 の投稿)
にも指摘されているように，PSTricksの資産があり，
印刷指向だと，どうしても，xymtexpsモードを
使うことになってしまいます．