libertineパッケージを外すとゴシック体になるので、この組み合わせに問題があるのだと思うのですが。
環境はOS X El Capitan, TeX Live 2015の最新版（先ほどアップデート済み）です。
解決法があるのなら教えていただきたいです。
よろしくお願いいたします。
以下ソースコードです。
\documentclass[uplatex]{jsarticle}
\usepackage{amsthm}
\usepackage{thmtools}
\usepackage{libertine}
\declaretheoremstyle[
spaceabove=6pt, spacebelow=6pt,
headfont=\bfseries\sffamily,
notefont=\bfseries\sffamily,
notebraces={（}{）},
postheadspace=1em
]{theorem}
\declaretheorem[title=定理, style=theorem]{theorem}
\begin{document}
\begin{theorem}
あいう
\end{theorem}
\end{document}