それは不可解ですね。
そのメッセージを文字通り解釈すれば，OS X 付属のアプリケーション Installer.app が，なぜか古い PowerPC 用のアプリケーションに置き換わっている，または別の場所に格納されている古いPowerPC用の Installer.app を起動しようとしていることになります。
もし何か心当たりがあれば，余計な Installer.app は削除して，OS標準の
/System/Library/CoreServices/Installer.app
を使用するようにしてください。
> インストール作業を行ったのですが、
> PowerPCアプリケーションはサポートされなくなったため、インストーラーappを開けません。と表示されました。
一つ確認したいのですが，美文書第6版付属のTeXインストーラにおけるインストール行程である，
(1) Bibun6inst.app をダブルクリック
(2) インストールボタンを押す
(3) インストール進行
(4) インストール終了
(5) TeXShopを起動
(6) TeX文書を作成してコンパイル
という一連の，どの段階でこのメッセージが表示されたのでしょうか。
（(2) の直後，または (3) の最中ではないかと予想しますが，いかがでしょうか。）