upLaTeX（2回処理）＋dvipsで生成したPSファイルをAcrobat DistillerでPDF/X-1a準拠のPDFに変換する際，
\usepackage[dvips]{hyperref}と数式の相互参照（\label, \ref）を同時に記述すると，PDF/X-1aの規格に違反し，PDFが出力されません．
例えば，
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\documentclass[uplatex]{jsarticle}
\usepackage{amssymb,amsmath}
\usepackage[dvips]{hyperref}
%% font command
\renewcommand{\rmdefault}{ptm}
\usepackage[scaled]{helvet}
\begin{document}
\begin{align}
y&=x \label{eq1} \\
z&=y \label{eq2}
\end{align}
(\ref{eq2})に(\ref{eq1}) を代入する．
\begin{equation}
z=x
\end{equation}
\end{document}
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に対し，以下のDOSコマンドによる処理
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uplatex -jobname="%~n1" -kanji=utf8 -no-guess-input-enc %1 && ^
uplatex -jobname="%~n1" -kanji=utf8 -no-guess-input-enc %1 && ^
dvips -Ppdf -u+embase35.map -f "%~n1.dvi" | bkmk2uni -u >"%~n1.ps" && ^
start acrodist.exe "%~dpn1.ps"
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を実行すると，
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PDF/X 準拠レポート
1. コンテンツ
[違反] 次のページで注釈が裁ち落としサイズ、仕上がりサイズ、またはアートサイズの内側にあります :
ページ 1、発生数 : 2
違反: セクション内で 2 個見つかりました。
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という違反が発生し，PDFが出力されません．
ドライバ指定を（無理やり）変更して
\usepackage[dvipdfmx]{hyperref}
と記述すると，エラーが発生せずPDFが出力されるので，おそらくドライバをオプションで指定した際にhyperref内で読み込まれるhdvips.defの問題かと思われます．
この問題に対する正しい対処法をご教授ください．