Windows に標準で添付されている游明朝や、フリーの IPA フォントは
Adobe-Japan1-5以上に対応していませんので、四角や丸で囲んだ文字の中に収録されていない文字があります。
> 美文第6版にはフォントまで入っていないのでしょうか。
TeX を使われる上(でなくてもそうすべきだと思いますが)は、フォント
が何となく無料で供給されるものだという考えを捨てるべきでしょう。
たとえば一太郎などにバンドルされているフォントを導入するか、
Adobe-Japan1-5 以上に対応したフォントを購入・インストールすれば、
四角や丸で囲んだ文字はフルに使うことができるはずです。
フォントを購入せずにどうしても四角や丸で囲んだ文字を使われたい場合
は、たとえば Tikz を使って文字を囲む方法もありますので、「美文書」
を読み返されることをお薦めします。