すみません。ようやく理由が判明しました。遥か昔、まだ ruby.sty の
無かった頃に、美文書に書いてあったのを見て自分で書いた ruby.sty が
texmf-local に残っていました。その中身は、
\def\ruby#1#2{%
\leavevmode%
\setbox0=\hbox{#1}\setbox1=\hbox{\tiny #2}%
\ifdim\wd0>\wd1 \dimen0=\wd0 \else \dimen0=\wd1 \fi
\hbox{\kanjiskip=\fill
\vbox{\hbox to \dimen0{\tiny \hfil#2\hfil}%
\nointerlineskip
\hbox to \dimen0{\hfil#1\hfil}}}}
お騒がせしました……これを消したら、
This is e-pTeX, Version 3.14159265-p3.7-160201-2.6 (utf8.euc) (TeX Live 2016) (preloaded format=platex)
restricted \write18 enabled.
entering extended mode
(./test01.tex
pLaTeX2e <2016/06/10>+1 (based on LaTeX2e <2016/03/31> patch level 1)
Babel <3.9r> and hyphenation patterns for 83 language(s) loaded.
(/usr/local/texlive/2016/texmf-dist/tex/platex/base/tarticle.cls
Document Class: tarticle 2006/06/27 v1.6 Standard pLaTeX class
(/usr/local/texlive/2016/texmf-dist/tex/platex/base/tsize10.clo)
(/usr/local/texlive/2016/texmf-dist/tex/platex/base/plext.sty))
(/usr/local/texlive/2016/texmf-dist/tex/latex/cjk/texinput/ruby.sty
(/usr/local/texlive/2016/texmf-dist/tex/latex/cjk/texinput/CJK.sty
(/usr/local/texlive/2016/texmf-dist/tex/latex/cjk/texinput/mule/MULEenc.sty)
(/usr/local/texlive/2016/texmf-dist/tex/latex/cjk/texinput/CJK.enc)))
(./test01.aux) 《縦組モード》
LaTeX Font Warning: Font shape `OT1/cmr/m/n' in size <3.99994> not available
(Font) size <5> substituted on input line 8.
[1] (./test01.aux)
LaTeX Font Warning: Size substitutions with differences
(Font) up to 1.00006pt have occurred.
)
Output written on test01.dvi (1 page, 404 bytes).
Transcript written on test01.log.
と壮絶な warning が出て、小文字にならない PDF が生成されました。
# ただし、大本の「ずれる」のは、okumacro でも pxrubrica でも
# やはりずれるわけですが。