dvipdfmx.cfg の rungs コマンド行
D "rungs -q … -sOutputFile='%o' '%i' -c quit"
に -dAutoRotatePages=/None を加えてほしいという要望です。理由は
「(x)dvipdfmx で EPS とりこみ時に Ghostscript の "majority decision"
に由来する “無意味な回転命令とそれに伴う警告表示” が起こりうる」からです。
添付した dnorm.eps はごく一般的なグラフ（R で出力）です。
これを latex + dvipdfmx でとりこもうとすると
dvipdfmx:warning: << /Rotate 90 >> found. (Not supported yet)
の警告が出ます。
\documentclass[dvipdfmx]{article}
\usepackage{graphicx}
\begin{document}
\includegraphics[width=3cm]{dnorm.eps}
\end{document}
これは xelatex (+ xdvipdfmx) でも同じです。
現状では dvipdfmx が /Rotate 命令に対応していないにもかかわらず（Wiki 参照）
dvipdfmx が呼び出す eps to pdf conversion でわざわざ /Rotate を付ける
のはナンセンスで、むしろ警告がひとつ余分に増えるだけのようです。
そのうえ、ほかのエンジン（pdfTeX / LuaTeX や dvips + gs など）では
EPS inclusion で勝手に回転することはないため、仮に将来 dvipdfmx が
/Rotate をサポートした場合を考えますと、いまのうちに付けておけば安全です。
rungs コマンド行が xdvipdfmx の PSTricks サポートにも使われているという
記憶があるので、そちらに問題なければ、です。