その後、LaTeX2eは問題なく動き、問題はないように思っていました。
ところが、コンパイルした pdf において、ツールの拡大鏡を使うと、下に元の分が残り、その上に拡大されたものが表示され二重になります。図を書くことが多いので見にくくて仕方ありません。アップされる前はこんなことは起こりませんでした。
これを、修正するにはどうしたらよいのか、ご指導頂ければ幸いです。いつも初歩的な質問ばかりでご迷惑をかけます。
詳細は開発者の方に回答をお任せしたほうが良いと思いますが，とりあえず情報として必要になりそうなことをお尋ねしようと思います。
お使いの TeXShop のバージョンはなんでしょうか？
（画面上部メニューの TeXShop → TeXShop について… から参照してください）
美文書に収録のソフトウェアのうち，TeXShop と TeX2img は Yosemite 対応のために開発がすすめられておりますので，
もし最新でなければメニューの TeXShop → アップデートを確認… からアップデートを試されてはいかがでしょうか？
（現在 TeXShop 3.51 と TeX2img 1.9.2 が最新です）
申し分けありません。自分の問題が中心になってしまい、適当な表現ができていなかったようです。自分の表現したいことを、LaTeX2eを使って表現しているためだけで、その元になる情報関係の仕組みとかは分からないままでLaTeX2eを使わして貰ってます。何しろ、私がしたかったことを、このLaTeX2eが実現してくれたのです。だから、私には原理は分からないけれども、使い方を知りたいのです。現実に使っています。このTeX Forum はそういう知識のない者は、質問するべきでないコーナーだということでしたら、投稿は止めます。我慢しながら出来ることだけをしていきます。また、その都度ご指導にあったコーナーは確認しています。有り難うございました。
> このTeX Forum はそういう知識のない者は、質問するべきでないコーナーだということでしたら、投稿は止めます。
坂本さん，その必要はありません。フォーラム参加者の中にはさまざまな分野の方がいるので，知識も人それぞれです。
匿名さんの意図は，単に「うまくいかない」ではなく「何をどう操作したらどうなった」のような情報が欲しいという意味です。
こちらも回答する側として必要な情報を求めていくので，要求に応えていただければと思います。もちろんそのための方法はお伝えしていきます。
アップデートを試みたということですが，その際に何かエラーメッセージが表示されたり等ありましたか？
美文書第6版第1刷でインストールされる TeXShop 3.23 は，OS X 10.8が最新版であった時代に作成されたものであり，10.9以降で用いると致命的な問題を引き起こすことが知られていますので，必ず最新版にアップデートしてご利用ください。
また，10.9.5 のアップデートにおいてデジタル署名のバージョンがアップデートされた影響で，それ以前の時代に開発されたアプリを自動アップデートしようとすると，アップデートに失敗することがあります。
TeXShopのメニューからの自動アップデートがうまくいかない場合は，TeXShop の公式サイトから最新版のTeXShopをダウンロードして，美文書からインストールされた TeXShop.app を上書きすることで，手動アップデートを行ってください。
また，10.9.5 のアップデートにおいてデジタル署名のバージョンがアップデートされた影響で，それ以前の時代に開発されたアプリを自動アップデートしようとすると，アップデートに失敗することがあります。
TeXShopのメニューからの自動アップデートがうまくいかない場合は，TeXShop の公式サイトから最新版のTeXShopをダウンロードして，美文書からインストールされた TeXShop.app を上書きすることで，手動アップデートを行ってください。
まずは、うまくいきましたのでご報告からしておきます。本当に有り難うございました。
TeXShopの英文のコーナーのObtaining TexShopで、Latest TexShop version3 をインストールしました。しかし私には他の人と違う問題があります。それは、いまだに ShiftJis ¥ に設定して使っていることです。そこでダウンロードファイルの中で環境設定を確認していきました。前のTexShopの環境設定を書き取っていましたので、確認すると、問題なく以前の通り設定されていることが分かり、アイコンが変わったTeXShopを前のに重ねました。それでTeXShopを起動させると、コンパイルも早くなったようで、ツールの拡大鏡も以前の通り使えるようになりました。
いい年で、仕組みも分からず、しかし、その自由性に惹かれて emath.sty も使わず、手作り冊子を作っています。それがまだ続けられることになり、皆様に感謝しております。有り難うございました。